สาเหตุของการปวดประจำเดือน  คือความไม่สมดุลของกลุ่มสารพรอสตาแกลนดินในร่างกาย ซึ่งมีผลต่อเลือดที่มาเลี้ยงมดลูก หรืออาจเกิดจากภาวะเส้นประสาทที่ไวต่อสารในกลุ่มพรอสตาแกลนดินมากเกินไป ทำให้เกิดความผิดปกติในการหดรัดตัวของกล้ามเนื้อมดลูก จึงส่งผลให้เกิดการปวดประจำเดือนได้ โดยอาการปวดมักจะเกิดขึ้นในช่วง 2 วันแรกของการมีประจำเดือน และมักจะปวดบีบเป็นพักๆ บริเวณท้องน้อย และอาจร้าวไปตามส่วนต่าง ๆ และอาจจะมีอาการ คลื่นไส้.